Ο Φορέας Διαχείρισης χρηματοδοτείται κυρίως από το ΥΠΕΚΑ μέσω των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων για το Περιβάλλον. Επίσης λαμβάνει μέρος σε Ευρωπαϊκά Προγράμματα που αφορούν στο περιβάλλον και στις προστατευόμενες περιοχές.

Το διάστημα 2003-2009 χρηματοδοτήθηκε από το Μέτρο 8.1 του Επιχειρησιακού Προγράμματος “ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝ” 2000-2006 που αφορούσε τη “Διαχείριση και λειτουργία προστατευόμενης περιοχής Στενών και Εκβολών Ποταμών Αχέροντα και Καλαμά”, συνολικού προϋπολογισμού 1.396.484,00€. Έργο ΕΠΠΕΡ

Το διάστημα 2006-2008 ο Φορέας συμμετείχε σε 2 προγράμματα INTERREG III ΕΛΛΑΔΑ-ΙΤΑΛΙΑ μέσω των οποίων παρήχθησαν σημαντικά έργα για τις προστατευόμενες περιοχές των ποταμών Αχέροντα και Καλαμά. Αυτά αφορούν τα έργα COLECOMAN και ECODO.

Επίσης ο Φορέας έγινε αποδέκτης του έργου που παράχθηκε από το πρόγραμμα INTERREG III ΕΛΛΑΔΑ-ΙΤΑΛΙΑ το διάστημα 2007-2008 με τίτλο «Ανάπτυξη ολοκληρωμένου πληροφοριακού συστήματος για την παρακολούθηση και τη διαχείριση προστατευομένων περιοχών Νatura 2000 σε Eλλάδα και Iταλία – πιλοτική εφαρμογή σε κοινά οικοσυστήματα Ελλάδας – Ιταλίας» (http://www.infonat.eu).

Από το 2010 ο Φορέας χρηματοδοτείται κυρίως από τον άξονα προτεραιότητας 9 ” Προστασία Φυσικού Περιβάλλοντος και Βιοποικιλότητας” του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη». Με την απ. πρωτ. 181561/03-09-2010 Απόφαση Ένταξης της πράξης “Λειτουργία Φορέα Διαχείρισης Στενών και Εκβολών Ποταμών Αχέροντα και Καλαμά” συνολικού προυπολογισμού 3.338.097,25 ευρώ ο Φορέας Διαχείρισης έχει εξασφαλίσει την ομαλή λειτουργία του για το διάστημα 2010-2015.

Ο Φορέας Διαχείρισης προχώρησε στο σχεδιασμό των δράσεων του τεχνικού δελτίου για το ΕΣΠΑ, λαμβάνοντας υπόψη τι κατευθύνσεις και οι στόχοι που θέτει το πρόγραμμα, προκειμένου να υπάρχει η απαιτούμενη συμβατότητα και τελικά η δυνατότητα χρηματοδότησής τους.

Ειδικότερα, με την υλοποίηση του υποέργου(δράσεις για την προστασία και διατήρηση της βιοποικιλότητας), ο Φορέας Διαχείρισης Στενών και Εκβολών Ποταμών Αχέροντα και Καλαμά αποσκοπεί:

Α) στη συλλογή και επεξεργασία δεδομένων για είδη ορνιθοπανίδας με αρχικό στόχο τη συμπλήρωση των πρωτόκολλων – εντύπων αναφοράς που απαιτούνται για την εφαρμογή των κοινοτικών Οδηγιών 92/43 (για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων καθώς και της άγριας χλωρίδας και πανίδας) και 79/409 (για τη διατήρηση των άγριων πτηνών).

Β) στη δημιουργία των προϋποθέσεων για την επίτευξη αποτελεσματικής διαχείρισης των προστατευόμενων περιοχών του Φορέα Διαχείρισης.

Γ) Στη δημιουργία αποτελεσματικού συστήματος επόπτευσης.

Δ) Στην ανάπτυξη και εφαρμογή ενός ολοκληρωμένου προγράμματος ενημέρωσης και ευαισθητοποίησης του κοινού.

Η διασφάλιση του προστατευτέου αντικειμένου της περιοχής, θα επιτευχθεί μέσα από την εφαρμογή τεκμηριωμένων μεθόδων αειφορικής διαχείρισης, αναπόσπαστο εργαλείο της οποίας είναι και η περιβαλλοντική παρακολούθηση (environmentalmonitoring).

Ο Φορέας Διαχείρισης στο πλαίσιο της παρούσας δράσης στοχεύει στην παρακολούθηση με ίδια μέσα της κατανομής και των ειδών ορνιθοπανίδας:

1. Ασπροπάρης (Neophron Percnopterus)
2. Ψαραετός (Pandionhaliaetus)
3. Καλαμόκιρκος (Circus aeruginosus)
4. Κιρκινέζι (Falconaumanni)
5. Στικταετός (Aquilaclanga)
6. Αργυροπελεκάνος (Pelecanus crispus)
7. Λευκός πελαργός (Ciconiaciconia)
8. Κρυπτοτσικνιάς (Ardeolaralloides)
9. Λευκοτσικνιάς (Egrettagarzetta)
10. Αργυροτσικνιάς (Egrettaalba)
11. Πορφυροτσικνιάς (Ardeapurpurea)
12. Χαλκόκοτα (Plegadisfalcinellus)
13. Χουλιαρομύτα (Platalealeucorodia)
14. Καλαμοκανάς (Himantopushimantopus)
15. Αβοκέτα (Recurvirostra avosetta)
16. Λασπότρυγγας (Tringa glareola)
17. Βαλτόπαπια (Aythyanyroca)
18. Αλκυόνα (Alcedoatthis)

Επιπλέον, ο Φορέας ∆ιαχείρισης εξασφάλισε χρηµατοδοτήσεις από το Πράσινο Ταµείο του ΥΠΕΚΑ µέσω των χρηµατοδοτικών προγραµµάτων «Στήριξη των Φορέων  Διαχείρισης προστατευόµενων περιοχών» για τα έτη 2011-2015.

Στα πλαίσια των χρηµατοδοτήσεων αυτών ο Φορέας Διαχείρισης προχώρησε στην παρακολούθηση – καταγραφή των:

• Ειδών Ορνιθοπανίδας
• Του τσακαλιού
• Των ΛεπιδόπτερωνΤων Ορχιδέων και
• Των θαλάσσιών χελωνών caretta caretta.

Επιπλέον, προέβη στην επισκευή των Κέντρων Πληροφόρησης Καλαµά και Αχέροντα µε σκοπό την καλύτερη φιλοξενία των επισκεπτών και των µαθητών που θέλουν να γνωρίσουν µέσα από αυτά τις προστατευόµενες περιοχές.