Ο Φορέας Διαχείρισης διοικείται από 7μελές Διοικητικό Συμβούλιο (Άρθρο 5, Ν. 4519/2018) που αποτελείται από :
Τον Πρόεδρο, κ. Νικολάου Μάρκο – ΠΕ Γυμναστή MSc, Υπεύθυνο Κέντρου Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης Φιλιατών, Εκπρόσωπο της ερευνητικής / επιστημονικής κοινότητας

 Τα μέλη:
1. Σγούρος Γεώργιος – Οικονομολόγος, Εκπρόσωπος ΜΚΟ, Αντιπρόεδρος του Φορέα Διαχείρισης
2. Λαζαρίδου Ευθαλία – ΠΕ Περιβάλλοντος Βιολόγων, Εκπρόσωπος του ΥΠΕΝ
3. Βλαχόπουλος Σπυρίδων – Δήμαρχος Παξών Εκπρόσωπος ΠΕΔ Ιονίων Νήσων
4. Τσούκας Διονύσιος – Φώτιος – Θεματικός Αντιπεριφερειάρχης Τομέα Ενέργειας και Περιβάλλοντος της Π.Ε. Κέρκυρας, Εκπρόσωπος της Περιφέρειας Ιονίων Νήσων και της Περιφέρειας Ηπείρου
5. Γκίνης Σταμάτης – Βιολόγος-Ιχθυολόγος, Εκπρόσωπος της ερευνητικής / επιστημονικής κοινότητας
6. Μαρέτης Ανδρέας – Εκπρόσωπος του Εμποροβιομηχανικού Επιμελητηρίου Θεσπρωτίας

Το Διοικητικό Συμβούλιο του Φορέα Διαχείρισης αποτελεί το ανώτατο όργανο διοίκησης και λήψης αποφάσεων. Τα μέλη του ορίζονται με απόφαση του Υπουργού Περιβάλλοντος και Ενέργειας, μετά από πρόταση των παραπάνω Φορέων που συμμετέχουν στο Δ.Σ. και η θητεία του είναι τριετής με δυνατότητα ανανέωσης.

Το πρώτο Δ.Σ. του Φορέα συγκροτήθηκε το 2003 στο οποίο Πρόεδρος διετέλεσε ο κ. Αλεξίου Γεώργιος  (ΦΕΚ 918/04-07-03). Το Δεκέμβριο του 2005 (ΦΕΚ 1709/06-12-2005) συγκροτήθηκε το δεύτερο Δ.Σ. του Φορέα Διαχείρισης με πρόεδρο τον κ. Κώτσιο Νικόλαο, το 2009 (ΦΕΚ 434/01-10-2009) συγκροτήθηκε το τρίτο Δ.Σ. με πρόεδρο τον κ. Χριστόγλου Σπυρίδονα, το 2010 (ΦΕΚ 24/28-01-2010) συγκροτήθηκε το τέταρτο Δ.Σ., με πρόεδρο τον κ. Κομηνό Θεόδωρο, ενώ το 2019 (ΦΕΚ Υ.Ο.Δ.Δ./7/10-01-2019 και Υ.Ο.Δ.Δ./63/10-01-2019) συγκροτήθηκε το υφιστάμενο Δ.Σ., με πρόεδρο τον κ. Νικολάου Μάρκο.