Μέχρι το 2007 ο Φορέας Διαχείρισης φιλοξενούνταν σε γραφείο που είχε παραχωρήσει ο Δήμος Ηγουμενίτσας, ενώ από τις αρχές του 2008 έως και τις αρχές του 2014 φιλοξενούνταν εντός του χώρου των ΤΕΙ Ηγουμενίτσας. Eνώ σήμερα τα γραφεία του Φορέα διαχείρισης συστεγάζονται με τα γραφεία του ΤΟΕΒ Ραγίου-Κεστρίνης, στο 5ο χλμ Ηγουμενίτσας-Σαγιάδας.

Στη διαχείριση του Φορέα έχουν περάσει και τα κτήρια των Κέντρων Πληροφόρησης στη Σαγιάδα (για τον ποταμό Καλαμά και το Έλος Καλοδικίου) και στην Αμμουδιά (για τον ποταμό Αχέροντα), καθώς και το Περίπτερο Πληροφόρησης στη Γλυκή(για τα Στενά του ποταμού Αχέροντα).