Στις βόρειες ακτές της νήσου Κέρκυρας βρίσκεται ο υγρότοπος της «Λιμνοθάλασσας Αντινιώτη». Με έκταση 188 εκτάρια περίπου, χαρακτηρίζεται ως Ειδική Ζώνη Διατήρησης (ΕΖΔ ή Special Areas of Conservation – SAC), με κωδικό του δικτύου Natura 2000 GR2230001 και μαζί με τον ποταμό της «Φόνισσας», ως Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ ή Special Protection Area – SPA), με κωδικό GR2230009, καθότι θεωρούνται ιδιαίτερα σημαντικοί υγρότοποι για τα είδη που φιλοξενούν [όπως το «σχεδόν απειλούμενο» (near threatened) είδος θηλαστικού Lutra lutra (βίδρα) και το «κρισίμως κινδυνεύον» (critically endangered) ενδημικό είδος ψαριού Valencia letourneuxi]. Μια τέτοια περιοχή θεωρείται ιδιαίτερα σημαντική για ένα νησί, όπως η Κέρκυρα, το οποίο υπόκειται σε έντονη πίεση εξαιτίας της τουριστικής δραστηριότητας.

Πιο νότια και στην ανατολική πλευρά του νησιού, ξεκινώντας από το γεωγραφικό πλάτος του αεροδρομίου, βρίσκεται η περιοχή με κωδικό GR2230005 που περιλαμβάνει την «Παράκτια Θαλάσσια Ζώνη από Κανόνι Έως Μεσόγγι» και χαρακτηρίζεται ως ΕΖΔ με έκταση 888 εκτάρια και μέγιστο υψόμετρο 112 μ. Στην περιοχή του Κανονιού το νερό είναι αβαθές και ο πυθμένας είναι εκτεθειμένος, με λείους βράχους σε βάθος 0,5 μ. Το υπόστρωμα είναι ψαμμιτικό. Οι λειμώνες του είδους Posidonia oceanica εκτείνονται σε βάθη κάτω από 1,5 m νότια του χωριού Μεσόγγι.

Στις νοτιοδυτικές ακτές της Κέρκυρας βρίσκεται η περιοχή της «Λιμνοθάλασσας Κορισσίων». Με έκταση 2.292 εκτάρια χαρακτηρίζεται ως ΕΖΔ, με κωδικό GR2230002 και μαζί με τη «Νήσο Λαγούδια» ως ΖΕΠ, με κωδικό GR2230007 (έκταση 1.051 εκτάρια). Το μέγιστο υψόμετρο της περιοχής ανέρχεται στα 457 μ. Η περιοχή θεωρείται μεγάλης σημασίας, όχι μόνο ως υγρότοπος αλλά και εξαιτίας της μεγάλης βιολογικής και αισθητικής αξίας των αμμωδών παραλιών που βρίσκονται κοντά στη λιμνοθάλασσα. Σε αυτήν εμφανίζεται το μοναδικό για την περιοχή δάσος κέδρων καθώς και οι σταθεροποιημένες αμμοθίνες που δημιουργούν ένα μοναδικό, ως προς την αισθητική του, τοπίο. Το πιο σημαντικό τμήμα της περιοχής φαίνεται να είναι μια λωρίδα ξηράς η οποία διαχωρίζει τη λίμνοθάλασσα από τη θάλασσα (μεταξύ της τοποθεσίας Γκαρζίκι και της αρχής της παραλίας του Αγίου Γεωργίου). Η περιοχή αυτή αποτελεί ένα σύνθετο, ενδιαφέρον και σχεδόν αδιατάρακτο φυσικό οικοσύστημα, ένα από τα λίγα που απόμειναν στην Κέρκυρα, η οποία στο σύνολό της έχει τόσο πολύ επηρεαστεί από την τουριστική ανάπτυξη. Ως ο κυριότερος υγρότοπος στη νήσο, είναι ένας σημαντικός τόπος για την προστασία της άγριας ζωής και ιδιαίτερα α) της ορνιθοπανίδας, β) των ειδών Lutra lutra (βίδρα) και Valencia letourneuxi και γ) τη διατήρηση των τύπων αυτοφυούς βλάστησης. Η περιοχή είναι σημαντική, επίσης, ως πέρασμα και τόπος διαχείμασης υδρόβιων πουλιών (κορμοράνων, ερωδιόμορφων και παπιών).

Στα νοτιότερα και ανατολικά του νησιού, στην περιοχή της Λευκίμμης, βρίσκεται η «Αλυκή Λευκίμμης». Με έκταση 243 εκτάρια και με κωδικό GR2230003 χαρακτηρίζεται τόσο ως ΕΖΔ όσο και ως ΖΕΠ. Έως πριν λίγα χρόνια ο υγρότοπος χρησιμοποιείτο ως αλυκή, αλλά η δραστηριότητα αυτή σταμάτησε οριστικά το 1988. Από τότε, και σε συνδυασμό με την τουριστική ανάπτυξη στο νησί, ποικίλες αλλαγές έχουν συμβεί στην περιοχή. Αν και οι υπάρχουσες πληροφορίες για τη χλωρίδα και τη βλάστηση είναι λίγες και περιορίζονται στη βλάστηση των προσχωσιγενών παραλιών, είναι προφανές ότι στην περιοχή απαντά μια ενδιαφέρουσα χλωρίδα και πολλοί τύποι βλάστησης που χαρακτηρίζονται από την κυριαρχία αλοφυτικών ειδών. Η μεγάλη πανιδική αξία αυτού του τόπου αφορά κυρίως στην ορνιθοπανίδα. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι το νησί της Κέρκυρας βρίσκεται στην κύρια δυτική οδό μετανάστευσης των πουλιών στον ελληνικό χώρο.

Βόρεια της Κέρκυρας βρίσκονται τα «Διαπόντια Νησιά (Οθωνοί, Ερεικούσα, Μαθράκι και Βραχονησίδες)». Με έκταση 10.118 εκτάρια χαρακτηρίζονται ως ΖΕΠ, με κωδικό GR2230008 ενώ η «Θαλάσσια Περιοχή» τους ως ΕΖΔ, με κωδικό GR2230010 και έκταση 15.327 εκτάρια. Αποτελούνται από τρία κατοικημένα και πέντε ακατοίκητα μικρά νησιά τα οποία καλύπτονται κυρίως από κωνοφόρα, ψηλά μακί και ελαιώνες. Τα νησιά Οθωνοί έχουν εκτεταμένες βραχώδεις ακτές και πλαγιές (μέγιστο υψόμετρο 385 μ). Οι περισσότερες από τις ακατοίκητες βραχονησίδες καλύπτονται από χαμηλή βλάστηση σε βραχώδες υπόβαθρο, ιδανικό για φωλιές θαλασσοπουλιών.

Νότια της Κέρκυρας βρίσκονται οι «Νήσοι Παξοί και Αντίπαξοι και η Ευρύτερη θαλάσσια περιοχή τους». Με έκταση 135.528 εκτάρια χαρακτηρίζονται ως ΕΖΔ, με κωδικό GR2230004. Η περιοχή συγκροτείται από μια ομάδα ασβεστολιθικών νησιών και νησίδων με βραχώδεις και αποσαθρωμένες ακτές καθώς και από την θαλάσσια έκταση που περιβάλλει τα νησιά αυτά έως την ισοβαθή των 50 m. Το μέγιστο υψόμετρο της περιοχής ανέρχεται στα 220 μ. Οι Παξοί είναι το μοναδικό νησί του συμπλέγματος το οποίο κατοικείται μόνιμα. Η χλωρίδα της περιοχής αποτελείται, μεταξύ άλλων, από δύο τοπικά ενδημικά είδη: τα Centaurea paxorum και Limonium antipaxorum. Ενδεικτικά ενδιαφέροντα είδη πανίδας της περιοχής αποτελούν η Μεσογειακή φώκια Monachus monachus, το Κροκοδειλάκι (Agama stellio) και οι δύο πράσινες σαύρες Lacerta trilineata και Lacerta viridis. Αυτός ο τόπος, βρίσκεται, όπως η Κέρκυρα, στην κύρια οδό μετανάστευσης των πουλιών στη δυτική Ελλάδα.

**Σημειώνουμε ότι εθνική νομική αναφορά για τις ΖΕΠ αποτελεί η ΚΥΑ 37338/1807/Ε103/01-09-2010 (ΦΕΚ 1495/Β’) ενώ για τις ΕΖΔ ο Ν. 3937/29-03-2011 (ΦΕΚ 60/Α’).