Σε απόσταση λίγων μόλις χιλιομέτρων από τα σύνορα με την Αλβανία, στις ακτές του Ιονίου πελάγους βρίσκεται ένας από τους σημαντικότερους υγροτόπους της Δυτικής Ελλάδας αλλά και της Ευρώπης. Είναι το Δέλτα του ποταμού Καλαμά που περιλαμβάνει τις εκβολές της παλιάς και νέας κοίτης του, τις λιμνοθάλασσες Ρηχό, Βατάτσα, Λούτσα Παπαδιά, Βοντάς κ.α., τους βαλτώδεις σχηματισμούς γύρω από αυτές και τη χερσαία εύφορη περιοχή που έχει δημιουργηθεί με τα χρόνια από τις αποθέσεις του ποταμού. Η έκταση της περιοχής ανέρχεται σε 8.531 εκτάρια. Το υψόμετρο των επίπεδων δελταϊκών εκτάσεων κυμαίνεται από 0-12μ., ενώ μέσα σε αυτές ορθώνονται υψηλοί λόφοι μορφής νησιών, κυρίως το Μαύρο Όρος (509 μ) η Μαστιλίτσα και άλλοι μικρότεροι. Η περιοχή είναι σημαντική τόσο σε Εθνικό επίπεδο όσο και σε Ευρωπαϊκό, έχει χαρακτηριστεί ως Ειδική Ζώνη Διατήρησης – ΕΖΔ με κωδικό GR2120001 και Ζώνη Ειδικής Προστασίας – ΖΕΠ για την ορνιθοπανίδα με κωδικό GR2120005, εξαιτίας της πλούσιας βιοποικιλότητας αλλά και της γεωγραφικής της θέσης (τμήμα της Δυτικής μεταναστευτικής οδού των πουλιών στην Ελλάδα). Ανάμεσα στις ανατολικές πλαγιές των όρων «Ρεβέλα» και «Λεύκες» του Δήμου Φιλιατών και τις δυτικές πλαγιές των όρων «Σίδερη», «Κουτσουβέλη», «Σουμαλά» του Δήμου Παραμυθιάς του Νομού Θεσπρωτίας, βρίσκεται το φαράγγι, το οποίο διασχίζει ο ποταμός Καλαμάς. Το τμήμα αυτό του ποταμού με τις απότομες βουνοπλαγιές, οι οποίες καλύπτονται από πυκνή, μικτή βλάστηση αειφύλλων σκληροφύλλων και φυλλοβόλων δρυών, αποτελεί την προστατευόμενη περιοχή των Στενών του Καλαμά. Είναι τοπίο μοναδικής αισθητικής αξίας, με κατακόρυφους βραχώδεις γκρεμνούς, ανάμεσα από τους οποίους ρέει με μαιανδρισμούς το ποτάμι, δυσπρόσιτα σπήλαια στις πλαγιές και σημαντική ζώνη παραποτάμιας βλάστησης. Η περιοχή των «Στενών Καλαμά» περιλαμβάνεται στο Ευρωπαϊκό Οικολογικό Δίκτυο Natura 2000, έχει χαρακτηριστεί ως ΕΖΔ (ή Special Area for Conservation-SAC) με κωδικό GR2120004, καλύπτοντας συνολική επιφάνεια περίπου 1.820 εκταρίων. Μαζί με τα «Όρη Παραμυθιάς και τα Στενά Αχέροντα» έχει χαρακτηριστεί επίσης ως ΖΕΠ (ή Special Protected Area-SPA) με κωδικό GR2120008.

Η συνολική έκταση της περιοχής με κωδικό GR2120008, ανέρχεται σε 11.692 εκτάρια. Όσον αφορά στο υψόμετρό της, το ελάχιστο ανέρχεται στα 44 μ και το μέγιστο στα 1.644 μ. Τα Στενά του Αχέροντα βρίσκονται στο νότιο άκρο της περιοχής και αποτελούνται από ασβεστολιθικούς βράχους με μακκία βλάστηση. Η δενδρώδης και θαμνώδης βλάστηση συμμετέχει με μικρότερα ή μεγαλύτερα ποσοστά κάλυψης, αντίστοιχα. Η χασμοφυτική βλάστηση, αναπτύσσεται σε ασβεστολιθικούς βράχους με μεγάλες κλίσεις μέσα στο φαράγγι, δίνοντας έτσι ιδιαίτερη οικολογική αξία στην περιοχή. Ακολουθώντας την κοίτη του Καλαμά, μετά την περιοχή των «μεγάλων Στενών», βρίσκεται η περιοχή των «Στενών Παρακαλάμου», με κωδικό GR2120007, σημαντική για την αναπαραγωγή των αρπακτικών, που χαρακτηρίζεται ως ΖΕΠ, με συνολική έκταση 3.483 εκταρίων. Το ελάχιστο υψόμετρο της περιοχής ανέρχεται στα 0 μ και το μέγιστο στα 732 μ. Πρόκειται για ένα φαράγγι με αλλουβιακό δάσος και φρύγανα στους περιβάλλοντες λόφους.

Βορειότερα των περιοχών όπου απαντούν τα φαράγγια που σχηματίζει ο Καλαμάς, βρίσκεται η περιοχή με κωδικό GR2120009 – «Όρη Τσαμάντα, Φιλιατών, Φαρμακοβούνι, Μεγάλη Ράχη», η οποία χαρακτηρίζεται ως ΖΕΠ και η συνολική της έκταση ανέρχεται σε 19.854 εκτάρια. Πρόκειται για μια ορεινή περιοχή στα σύνορα με την Αλβανία. Όσον αφορά στο υψόμετρο της περιοχής, το ελάχιστο ανέρχεται στα 85 μ και το μέγιστο στα 1.803 m. Στα μεγαλύτερα υψόμετρα, απαντούν μεγάλες εκτάσεις αλπικών βοσκοτόπων και κάποια δάση κωνοφόρων. Χαμηλότερα, κυριαρχούν δάση φυλλοβόλων και θάμνοι. Η περιοχή είναι σημαντική για τα αρπακτικά.

Στο νότιο άκρο του Νομού Θεσπρωτίας, στα όρια με το Νομό Πρέβεζας και σε οροπέδιο που δημιουργήθηκε σε υψόμετρο 100μ. περίπου, μεταξύ των βουνών της Πάργας δυτικά και της οροσειράς του Μαργαριτίου ανατολικά, βρίσκεται η λιμναία έκταση που αποτελεί το Έλος Καλοδικίου. Η στάθμη των νερών του έλους, καθώς και η φυσιογνωμία του εξαιτίας της βλάστησης μεταβάλλονται μεταξύ των εποχών του έτους. Το έλος Καλοδίκι είναι ένας από τους σημαντικούς και ιδιαίτερους υγροτόπους στην Ελλάδα, ο οποίος αποτελεί μοναδικό σχηματισμό τυρφώδους – γαιώδους περιοχής. Η σημαντικότητα του έγκειται τόσο στην ορνιθοπανίδα που φιλοξενεί λόγω της γεωγραφικής του θέσης (αποτελεί αναπόσπαστο κομμάτι του δικτύου μεταναστευτικών σταθμών των πουλιών στην Δυτική Ελλάδα) όσο και στα υπόλοιπα χαρακτηριστικά του (έλος γλυκού νερού, πλούσια βλάστηση με νούφαρα, κλπ.). Την εποχή της ανθοφορίας των νούφαρων (Nymphea alba), αρχές καλοκαιριού, η όψη του έλους είναι μοναδική. Το Έλος Καλοδικίου χαρακτηρίζεται ως ΕΖΔ, με κωδικό GR2120002. Μαζί με άλλους υγρότοπους της ευρύτερης περιοχής, τα Έλη Μαργαρίτι, Καρτέρι και τη Λίμνη Προντάνη έχουν χαρακτηριστεί επίσης ως ΖΕΠ, με κωδικό GR2120006 και έκταση 1.808 εκτάρια.

Τέλος, νοτιοδυτικά των χωριών Κρυσταλλοπηγή και Κεφαλόβρυσο, κοντά στην πόλη Παραμυθιά, βρίσκεται η περιοχή με κωδικό GR2120003 – «Λίμνη Λιμνοπούλα», που χαρακτηρίζεται ως ΕΖΔ, με έκταση 580 εκταρίων. Η λίμνη Λιμνοπούλα (ή Λιμνούλα) είναι εποχική (χειμερινή) και κατακλύζεται τον χειμώνα από νερά, φθάνοντας στο μέγιστο βάθος των 10 μ. Κατά το καλοκαίρι σχηματίζονται υγρά λιβάδια τροφοδοτούμενα από πηγές.

**Σημειώνουμε ότι εθνική νομική αναφορά για τις ΖΕΠ αποτελεί η ΚΥΑ 37338/1807/Ε103/01-09-2010 (ΦΕΚ 1495/Β’) ενώ για τις ΕΖΔ ο Ν. 3937/29-03-2011 (ΦΕΚ 60/Α’).